W strukturze Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Warszawie funkcjonują następujące wydziały:

• Wydział Ocen Oddziaływania na Środowisko (Oddział Opinii i Uzgodnień, Oddział Decyzji, Oddział Ocen Strategicznych, Oddział Szkód w Środowisku oraz Informacji o Środowisku);
• Wydział Ochrony Przyrody i Obszarów Natura 2000 (Oddział Rezerwatów Przyrody i Ochrony Gatunkowej, Oddział Obszarów Natura 2000, Oddział Zagospodarowania Terenów Chronionych);
• Wydział Spraw Terenowych w Siedlcach:
  - Oddział w Ostrołęce;
• Wydział Spraw Terenowych w Radomiu;
• Wydział Spraw Terenowych w Ciechanowie:
  - Oddział w Płocku;
• Wydział Administracyjno-Kadrowy;
• Wydział Finansowo-Budżetowy;
• Zespół Radców Prawnych;
• Samodzielne stanowisko ds. komunikacji społecznej i kontaktów z mediami.

Wydział Ochrony Przyrody i Obszarów Natura 2000

Wydział Ochrony Przyrody i Obszarów Natura 2000 realizuje zadania z zakresu nadzoru nad rezerwatami przyrody, w tym m.in. ustanawiając plany ochrony i zadania ochronne oraz wydając zezwolenia na odstępstwa od obowiązujących zakazów. Zajmuje się ochroną gatunkową, m.in. podejmując działania z zakresu aktywnej ochrony najcenniejszych gatunków roślin, zwierząt i grzybów, a także, podobnie jak w przypadku rezerwatów, wydając zezwolenia na odstępstwa od obowiązujących zakazów. Koordynuje zarządzanie oraz stanowi nadzór nad obszarami Natura 2000 m.in. poprzez prace nad planami zadań ochronnych, opiniowanie i uzgadnianie warunków realizacji inwestycji zlokalizowanych na terenach Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000 oraz wydawanie zaświadczeń dla beneficjentów starających się o dofinansowanie ze środków Unii Europejskiej. Dokonuje oględzin i szacowania szkód wyrządzonych przez bobry i wilki. Ponadto uczestniczy w procedurach strategicznych ocen oddziaływania na środowisko oraz uzgadnianiu projektów uchwał i decyzji w części dotyczącej rezerwatów przyrody, obszarów Natura 2000, parków krajobrazowych, obszarów chronionego krajobrazu i innych form ochrony przyrody w zakresie wpływu ustaleń analizowanego dokumentu na ich ochronę.

Wydział Ocen Oddziaływania na Środowisko

Wydział Ocen Oddziaływania na Środowisko realizuje zadania z zakresu oceny wpływu na środowisko skutków realizacji ustaleń planowanych dokumentów strategicznych, takich jak plany zagospodarowania przestrzennego czy strategie i programy m.in. w dziedzinie gospodarki wodnej i leśnictwa. Wydaje decyzje o środowiskowych uwarunkowaniach dla niektórych inwestycji np.: autostrad, linii kolejowych, lotnisk użytku publicznego, gazociągów, a także dla inwestycji zlokalizowanych na terenach zamkniętych. Ponadto, w ramach postępowań zmierzających do wydania decyzji środowiskowych prowadzonych przez inne organy (wójt, burmistrz, prezydent), Wydział Ocen Oddziaływania na Środowisko wydaje opinie co do konieczności przeprowadzenia procedury ooś, a następnie uzgadnia warunki realizacji przedsięwzięć, gdy przeprowadzana jest ocena oddziaływania na środowisko. Uzgadnia również warunki realizacji przedsięwzięcia, gdy przeprowadzana jest ponownie ocena oddziaływania w ramach wydania decyzji wymaganej przez rozpoczęciem realizacji inwestycji (np. pozwolenia na budowę). Wydział Ocen Oddziaływania na Środowisko prowadzi sprawy związane z zagrożeniem szkodą lub jej wystąpieniem w środowisku. Podejmowane działania mają przede wszystkim na celu zapobieganie szkodom w środowisku i efektywną naprawę ich skutków. Ustala plany remediacji historycznego zanieczyszczenia powierzchni ziemi, prowadzi rejestry historycznych zanieczyszczeń powierzchni ziemi. Ponadto wydział ten realizuje zadania wynikające z przepisów ustawy o dostępie do informacji publicznej, prowadzi sprawy związane z udostępnianiem społeczeństwu informacji o środowisku i jego ochronie, a także postępowania z zakresu zarządzania środowiskiem na terenach zamkniętych. 

Wydziały spraw terenowych

Wydziały spraw terenowych realizują zadania z zakresu ochrony przyrody i obszarów Natura 2000. Zajmują się ochroną gatunkową, m.in. podejmując działania z zakresu aktywnej ochrony najcenniejszych gatunków roślin i zwierząt, a także, wydając zezwolenia na odstępstwa od obowiązujących zakazów. Prowadzą nadzór nad obszarami Natura 2000 m.in. poprzez prace nad planami zadań ochronnych, opiniowanie i uzgadnianie warunków realizacji inwestycji zlokalizowanych na terenach Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000 oraz wydawanie zaświadczeń dla beneficjentów starających się o dofinansowanie ze środków Unii Europejskiej. Dokonują oględzin i szacowania szkód wyrządzonych przez bobry i wilki. Ponadto uczestniczą w procedurach strategicznych ocen oddziaływania na środowisko oraz uzgadnianiu projektów uchwał i decyzji w części dotyczącej obszarów Natura 2000, parków krajobrazowych, obszarów chronionego krajobrazu i innych form ochrony przyrody w zakresie wpływu ustaleń analizowanego dokumentu na ich ochronę.Wydziały spraw terenowych realizują także część zadań z zakresu ocen oddziaływania na środowisko.

Obszar działania Wydziału Spraw Terenowych w Ciechanowie: powiaty ciechanowski, mławski, płoński, pułtuski.

Obszar działania Wydziału Spraw Terenowych w Ciechanowie, Oddział w Płocku: powiaty płocki, gostyniński, sierpecki, sochaczewski, żuromiński oraz miasto na prawach powiatu Płock.

Obszar działania Wydziału Spraw Terenowych w Radomiu; powiaty radomski, białobrzeski, grójecki, kozienicki, lipski, przysuski, szydłowiecki, zwoleński oraz miasto na prawach powiatu Radom.

Obszar działania Wydziału Spraw Terenowych w Siedlcach: powiaty garwoliński, łosicki, miński, siedlecki, sokołowski, węgrowski oraz miasto Siedlce na prawach powiatu.

Obszar działania Wydziału Spraw Terenowych w Siedlcach, Oddział w Ostrołęce: powiaty makowski, ostrołęcki, ostrowski,  przasnyski  oraz miasto Ostrołęka na prawach powiatu.

Wydział Finansowo-Budżetowy

Wydział finansowo - budżetowy prowadzi rachunkowość Regionalnej Dyrekcji. Opracowuje projekt planu dochodów i wydatków budżetowych oraz wydatków finansowanych ze środków Unii Europejskiej. Wykonuje zadania z zakresu gospodarki finansowej oraz sprawozdawczości budżetowej, finansowej i statystycznej.

Wydział Administracyjno-Kadrowy

Wydział Administracyjno-Kadrowy zajmuje się obsługą organizacyjną, administracyjną i kadrową Regionalnej Dyrekcji, w tym prowadzeniem spraw z zakresu zamówień publicznych, ochrony danych osobowych, informacji niejawnych, obronności i zarządzania kryzysowego.

Struktura organizacyjna Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Warszawie